Avec ses 58 km carrés, c’est la plus vaste mais pas la plus peuplée des îles de l’archipel. C’est également celle qui est située la plus au sud et la plus boisée: la seule véritable forêt de l’archipel s’y trouve avec, en son sein, le Lac Solitaire. Deux cordons de dunes parallèles relient l’île à sa voisine du nord, l’île du Cap aux Meules: la dune du Havre-aux-Basques (ou dune de l’Est, sur laquelle passe la route 199) et la dune de l’Ouest. À son extrémité est, l’île se prolonge en un long cordon de plage, la dune du Sandy hook, qui s’immerge en pointant vers l’Île d’Entrée.

L’île du Havre-Aubert regroupe deux localités principales, les villages de Havre-Aubert et de Bassin, délimités en partie par la grande baie (aussi appelé « le Bassin ») qui pénètre dans l’île au sud et qui s’ouvre par un mince goulet. La localité de Bassin occupe toute la partie ouest de l’île et comprend une route panoramique (chemin Bassin) à partir de laquelle on peut apercevoir au loin le rocher du Corps-Mort et qui passe par le phare de l’Anse-à-la-Cabane. La route 199 va du côté de la localité de Havre-Aubert et se termine sur la pointe de la Grave.