En 1534, Jacques Cartier longe le Rocher-aux-Oiseaux et le baptise du nom de « Île Margots ». Encore aujourd’hui, beaucoup de Madelinots continuent de nommer ainsi les fous de Bassan qui peuplent le rocher en abondance. Véritable danger pour la navigation, c’est sur le Rocher-aux-Oiseaux qu’a été érigé le premier phare aux Îles-de-la-Madeleine en 1870. Les derniers gardiens ont quitté l’île en 1987, les installations ayant été complètement automatisées.  L’Île est inaccessible par la mer et les bâtiments sont à l’abandon. Le gouvernement fédéral a décidé de lui octroyer le statut de sanctuaire d’oiseaux.